«Следственная тюрьма НКВД» — первый музей в стране, посвященный истории массовых репрессий в СССР, он был основан в 1989 году. Музей расположен в подвальном помещении здания, в котором в 1923–1944 годах находилась внутренняя тюрьма Томского городского отдела ОГПУ-НКВД. До 2021 года Музей занимал часть помещений бывшей тюрьмы, но не имел достаточных площадей и необходимых условий для размещения обширной постоянной экспозиции.
В марте 2019 года в Томске состоялось выездное заседание Межведомственной рабочей группы по координации деятельности, направленной на реализацию Концепции государственной политики по увековечению памяти жертв политических репрессий. На нем было принято решение о расширении и модернизации Музея.
В 2022 году Фондом Памяти при участии Государственного музея истории ГУЛАГа (Москва) и Томского областного краеведческого музея имени М.Б. Шатилова была проведена масштабная реконструкция. Обновленный Музей получил не только новую постоянную экспозицию, но и дополнительные площади для приема посетителей, в том числе людей с ограниченными возможностями, размещения выставочного зала и центра документации, также были обустроены рабочие места научных сотрудников.
Новая постоянная экспозиция размещена в мемориальной зоне Музея, где воссозданы габариты девяти бывших тюремных камер. Одна из них музеефицирована в первоначальном виде, в остальных размещены тематические модули, посвященные истории массовых репрессий в СССР. В экспозиции использованы современные средства музейной репрезентации: проекционные комплексы, аудиогиды и интерактивные объекты. С особым вниманием авторы отнеслись к наследию репрессий на территории современной Томской области, таким как история Чаинского восстания, Назинской трагедии, массовым арестам в селе Белосток, расстрельным полигонам близ горы Каштак и в Колпашево.
В церемонии открытия постоянной экспозиции принял участие Советник Президента Российской Федерации, председатель Совета при Президенте Российской Федерации по развитию гражданского общества и правам человека Фадеев Валерий Александрович и другие официальные лица.
СМИ об открытии музея:
→ "Следственная тюрьма НКВД" открылась после реконструкции // ТК "Томское время"
→ Четыре входа, девять камер, кафе и книжный. В Томске открылась обновленная «Следственная тюрьма НКВД» // "Томский обзор"
→ Музей "Следственная тюрьма НКВД" готовится к открытию после реконструкции: фото // VTOMSK
→ Про историю массовых репрессий: как выглядит обновленный музей НКВД в Томске // Новости. Vtomske
→ В Томске после реконструкции вновь заработал музей «Следственная тюрьма НКВД» // Музей Арсеньева. ВКонтакте
→ «Следственная тюрьма НКВД» // Иван Паникров. Сайт НКО (Ресурсный центр, г. Магадан)